La cromatografía es esencialmente un método físico de separación en el que los componentes de una mezcla se separan por su distribución entre dos fases; una de estas fases en forma de lecho poroso, líquido a granel, capa o película es generalmente inmóvil (fase estacionaria), mientras que la otra es un fluido (fase móvil) que se filtra a través o sobre la fase estacionaria.

Los compuestos individuales se distinguen por su capacidad para participar en interacciones intermoleculares comunes en las dos fases, que generalmente se pueden caracterizar por una constante de equilibrio y, por lo tanto, es una propiedad predicha a partir de la termodinámica química. Las interacciones son principalmente de tipo físico o involucran enlaces químicos débiles, por ejemplo dipolo-dipolo, formación de enlaces de hidrógeno, transferencia de carga y reversibles, ya que las separaciones útiles solo resultan si el compuesto pasa algún tiempo en ambas fases.