MELISA Institute realiza primera secuenciación masiva de nuevas variantes de COVID-19 en el Biobío

Por medio de este logro, el centro de investigación busca descentralizar la gestión realizada por el Instituto de Salud Pública (ISP) en materia de seguimiento de la propagación geográfica y temporal del virus, detección temprana de mutaciones que podrían influir en su virulencia y evaluar la respuesta frente a las vacunas utilizadas.

Investigadores de MELISA Institute Genomics & Proteomics SpA, empresa de biotecnología y centro de investigación ubicada en San Pedro de la Paz, secuenciaron exitosamente y por primera vez en la región, 48 muestras de RNA de SARS-CoV-2 extraídas de hisopados nasofaríngeos de pacientes con COVID-19.

En relación a esto, Cristián Vargas, médico cirujano y CEO de MELISA Institute, expresó: “El poder ejecutar el flujo completo de secuenciación masiva del SARS-CoV-2 en nuestro centro de investigación nos permitirá contribuir enormemente a la medicina de la Región del Biobío. Este acontecimiento inaugura la era de la medicina personalizada de precisión aplicada a la salud pública con capacidades humanas y tecnológicas instaladas en la región".

Actualmente, solo resta ser incluidos en el Registro de capacidades de secuenciación para vigilancia Genómica de SARS-CoV-2 que realizará el Instituto de Salud Pública (ISP). Con respecto a esto, Vargas agregó: “Los próximos días presentaremos los antecedentes al ISP para comenzar el proceso de acreditación, lo que nos permitiría procesar hasta 384 muestras por semana, posicionándonos como el centro público o privado con mayor capacidad en la zona centro sur de Chile para llevar adelante la estrategia de monitoreo genómico".

Capacidad de mutación del virus

El SARS-CoV-2, a diferencia de otros virus compuestos de RNA (como el VIH o la gripe), muta a una velocidad más lenta, ya que es capaz de corregir los errores producidos en la replicación. Sin embargo, al existir una alta tasa de contagios, aumentan las probabilidades de que luego de una replicación se produzca un cambio en alguno de los componentes de su ácido nucleico. En otras palabras, de que surja una nueva variante.

Estos cambios que experimenta el RNA son la razón de que no todas las vacunas posean el mismo grado de eficiencia frente a determinadas variantes o que no todos los test de diagnóstico sean igual de efectivos.

Proceso de Secuenciación

A grandes rasgos, el proceso de secuenciación inicia con la extracción del RNA de SARS-CoV-2 desde los hisopados nasofaríngeos de pacientes con COVID-19. Para poder analizar estas muestras, es necesario convertir el RNA total de la muestra en DNA codificante (cDNA). Lo siguiente es crear una gran cantidad de copias del cDNA del virus y secuenciarlos. Finalmente, por medio de un análisis bioinformático es posible identificar las variantes presentes en la comunidad.

Antes de realizar el procedimiento, investigadores de MELISA Institute se capacitaron en la generación de librerías de secuenciación y análisis bioinformático de variantes virales en dependencias de la Universidad de Santiago de Chile (Usach).

Por otra parte, para la secuenciación utilizaron su sistema Illumina NextSeq 500 (único en secuenciación masiva de nueva generación por síntesis disponible en la macrozona centro sur de Chile), librerías de muestras de SARS-CoV-2 positivas realizadas en la Usach, además del kit COVIDSeq (validado por la FDA para estudio de nuevas variantes) entregado por la empresa Arquimed. Asimismo, el análisis de las variantes fue realizado a través de las plataformas Nextclade y Pangolin, obteniendo resultados reproducibles a los realizados en Santiago.

Este logro permitirá mejorar la capacidad de monitoreo genómico y con ello, los protocolos de respuesta y defensa frente al COVID-19. En esa línea, Vargas finalizó: “La secuenciación de variantes del SARS-CoV-2 realizada por el equipo de científicos de MELISA Institute contribuirá al seguimiento de la propagación geográfica y temporal del virus, a la detección temprana de mutaciones que podrían influir en la virulencia y evaluar la respuesta a las vacunas, cumpliendo así con la recomendación de secuenciar entre un 5% y 10% de las muestras positivas hecha por la OMS y los estados miembros de la Comunidad Europea".