Botton-up proteomics (DDA – Método Masivo)

Nuestro Core Facility de Proteómica y Genómica cuenta con una plataforma integrada por las áreas de proteómica, genómica, cromatografía y bioinformática. Cada una de estas plataformas se encuentra compuesta por la mejor y más robusta tecnología, investigadores altamente capacitados, además de una diversa variedad de técnicas montadas que aseguran el más alto estándar en cada uno de nuestros servicios.

A continuación, te contamos sobre uno de nuestros flujos de trabajo: Botton-up proteomics (DDA – Método Masivo).

El procesamiento de datos inicia con muestras complejas de diversa naturaleza, tales como suelo, bacterias, animal, vegetal, entre otros orígenes, las que son preparadas para los pasos posteriores. Estas muestras pueden ingresar directamente en nuestro espectrómetro de masas timsTOF Pro obteniendo una corrida simple o, por el contrario, ingresar a nuestro cromatógrafo ÄKTA Avant 25.

Por medio de este paso, las muestras iniciales son descomplejizadas (proceso denominado “Deep proteomics”), obteniendo 8 fracciones independientes y de mayor profundidad que luego ingresarán a la plataforma de espectrometría de masas.

Ya sean 8 fracciones independientes o una corrida simple, de forma posterior ingresan al motor de búsqueda compuesto por el software PEAKS Studio X+ y una base de datos con proteomas de referencia (por ejemplo, humanos, moscas, levaduras, entre otras), con esto identificaremos las proteínas, la intensidad de estas, su conteo espectral, y el número de péptidos presentes en las muestras iniciales.

Para conocer más en detalle cada uno de nuestros servicios, visita la sección: melisainstitute.org/core-facility